正常儿童出现睡眠问题通常是因为他们没有遵循正常的睡眠时间。对于自闭症儿童来说，睡眠困难的原因很复杂。具体来说，
1、褪黑素
研究表明，1/4的自闭症儿童出生后伴随着睡眠问题。研究人员提出睡眠问题存在生物学原因，与褪黑激素分泌障碍有关。褪黑素是帮助人们调节昼夜节律的激素，夜间褪黑素浓度增加，使人感到困倦的白天褪黑素减少，帮助人们保持觉醒。褪黑素的合成需要叫做色氨酸的氨基酸，自闭症患者的色氨酸水平异常或过高或过低。另外，自闭症儿童的褪黑素释放也处于紊乱状态，白天的褪黑素浓度过高，晚上的褪黑素减少。这导致了自闭症儿童的睡眠问题。
2、对外部刺激过度敏感
我们常说的睡眠轻，容易受到外部环境的干扰。弱光和声音可能会让自闭症儿童从睡梦中醒来，一些普通儿童完全不动，甚至在他人用力摇晃后才会醒来。自闭症儿童对一些感觉过度敏感，而正常儿童不在乎的声音和声音会被他们发现，导致难以入睡或夜间频繁醒来，这也会影响自闭症儿童的情绪。
3、睡眠提示
正常的孩子通过外部提示可以知道睡觉。例如，看到监护人关掉电视，催促刷脸等行为，就知道到了睡觉的时间，进入了准备睡觉的阶段。自闭症自闭症儿童很难通过提示理解他们需要睡觉。只有当父母明确要求睡觉时，他们才能理解他们需要睡觉，这样突然的要求很难适应他们，所以睡觉比正常儿童更难。
4、心理行为因素异常
自闭症儿童通常存在行为固化问题，由疾病决定。不想上床、睡觉需要陪伴物和必须睡在固定床上等行为水平的睡眠障碍，在自闭症儿童中非常常见，不习惯的上床时间也可能导致安抚困难和睡眠时间不稳定。
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